ต่อมาเมื่อประมาณปี พ.ศ.๒๕๒๐ ท่านก็เริ่มเกิดความเบื่อหน่ายในการใช้ชีวิตที่ดำเนินไปในแต่ละวันอย่างไร้คุณค่า ประกอบด้วยบุญกุศลที่ท่านได้บำเพ็ญมานับแต่ปางก่อน จึงหนุนนำส่งให้ท่านมีดำริที่จะประพฤติปฏิบัติแสวงหาโมกขธรรม ในช่วงปลายของชีวิตในเพศฆราวาสของท่านนั้นจึงได้เที่ยวตระเวนไปศึกษาปฏิบัติธรรมกรรมฐานกับครูบาอาจารย์ผู้ปฏิบัติดีปฏิบัติชอบหลายท่าน โดยครั้งแรกที่ท่านศึกษาปฏิบัติธรรมกรรมฐานได้ถวายตัวเป็นศิษย์ของหลวงพ่อพระราชพรหมยาน (หลวงพ่อฤๅษี วัดท่าซุง จ.อุทัยธานี) ต่อมาได้ไปศึกษาปฏิบัติกับครูบาชัยยะวงศาพัฒนา วัดพระพุทธบาทห้วยต้ม อ.ลี้ จ.ลำพูน ครูบาธรรมชัย วัดทุ่งหลวง อ.แม่แตง จ.เชียงใหม่ หลวงปู่สี ฉันทสิริ (พระอริยเถราจารย์ ๗ แผ่นดิน) วัดเขาถ้ำบุญนาค อ.ตาคลี จ.นครสวรรค์ นับตั้งแต่เมื่อครั้งยังครองเพศฆราวาส
ต่อมาท่านได้ทำการอุปสมบท เมื่อวันที่ ๑๑ กรกฎาคม พ.ศ.๒๕๒๓ ณ วัดนอก ต.บางปลาสร้อย อ.เมืองฯ จ.ชลบุรี มีพระครูอุดมวิชชากร วัดกำแพง ต.บางปลาสร้อย อ.เมืองฯ จ.ชลบุรี เป็นพระอุปัชฌาย์ พระปลัดชัยยุทธ อาทิญาโณ เป็นพระกรรมวาจาจารย์ พระมหาวีระ ญาณวีโร วัดนอก อ.เมืองฯ จ.ชลบุรี เป็นพระอนุสาวนาจารย์
เมื่ออุปสมบทแล้ว ท่านก็ได้ประพฤติปฎิบัติ บำเพ็ญสมณธรรม เป็นที่เคารพเลื่อมใส แก่ศรัทธาชาวบ้านทั้งหลาย ท่านจึงมีดำริร่วมกับศรัทธาชาวบ้าน ซึ่งนำโดย คุณแม่สุจิตรา พานทอง อุบาสิกาอุปัฏฐาก ที่จะสร้างวัดขึ้น เพื่อถวายแด่พระพุทธศาสนา และเป็นศูนย์รวมจิตใจของชาวบ้านทั้งละแวกใกล้ไกล จนกระทั่งขึ้นเป็นวัดได้สำเร็จ ซึ่งในปัจจุบันนี้คือ วัดห้วยน้ำทรัพย์ (วัดพระธาตุวาโย) โดยท่านได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสรูปแรกของวัดห้วยน้ำทรัพย์ (วัดพระธาตุวาโย) ต.ลาดกระทิง อ.สนามชัยเขต จ.ฉะเชิงเทรา เมื่อวันที่ ๒๒ มีนาคม พ.ศ๒๕๓๔ ขณะอายุ ๕๐ ปี พรรษา ๑๑
ในระหว่างที่ท่านดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสนั้น ท่านได้ฝากผลงานอันเป็นมหากุศลใหญ่ ให้มหาชนพุทธบริษัททั้งหลายได้สักการะบูชา นั้นคือพระมหาเจดีย์พระธาตุวาโย ซึ่งการก่อสร้างพระมหาเจดีย์นั้น ท่านได้ระดมศรัทธาจากมหาชนทั่วสารทิศ โดยลงเสาเอกพระมหาเจดีย์ต้นแรกเมื่อวันที่ ๙ มีนาคม พ.ศ.๒๕๓๒ จนกระทั่งสำเร็จลงได้ในเวลาอันไม่นาน ในปี พ.ศ.๒๕๓๖
นอกจากท่านจะมีจิตใจฝักใฝ่ในด้านกรรมฐาน พุทธาคม เวทย์อาคมต่าง ๆ แล้ว ท่านยังสนใจศึกษาหาความรู้ด้านสมุนไพรและการแพทย์แผนไทย ด้วยจิตเมตตาคิดสงเคราะห์ศรัทธาญาติโยมที่เจ็บไข้ได้ป่วย แต่ไม่มีโอกาสได้รับการรักษา ด้วยความขาดแคลนด้านทุนทรัพย์ที่ใช้ในการรักษาและความไม่สะดวกในการเดินทาง ท่านได้เดินทางไปศึกษาเล่าเรียนทางสมุนไพร และการแพทย์แผนไทย ที่สมาคมแพทย์แผนไทย จ.อุบลราชธานี จนจบหลักสูตรแพทย์แผนโบราณสาขาการแพทย์แผนไทยประเภทเวชกรรมไทย เมื่อวันที่ ๙ กุมภาพันธ์ พ.ศ.๒๕๔๖ ด้วยเหตุนี้ ท่านจึงมีความรู้ความชำนาญในการปรุงสมุนไพรรักษาโรคภัยไข้เจ็บให้ศรัทธาญาติโยมที่มาขอความสงเคราะห์จากท่านจนหายเจ็บป่วยกันไปเป็นจำนวนมาก เป็นที่กล่าวขวัญเลื่องลือไป จนคนไข้ผู้เจ็บป่วยก็ได้มาหาท่านเพื่อให้ช่วยสงเคราะห์มากขึ้นเรื่อย ๆ
ภายหลังต่อมาท่านต้องการหาสถานที่ที่วิเวก เหมาะแก่การบำเพ็ญสมณธรรม และใช้เป็นสถานที่ที่จะปลูกพืชสมุนไพรด้วย จึงได้คิดหาที่ดินเพื่อดำเนินการตามที่ดำริไว้ ความทราบไปถึง หลวงปู่สว่าง นาควโร เกจิเถรจารย์ใหญ่ ซึ่งพำนักอยู่วัดบำเพ็ญเหนือ เขตมีนบุรี กรุงเทพมหานคร ซึ่งหลวงปู่สว่างนั้นเป็นพระผู้ใหญ่ที่พระอาจารย์รุจิชัยเคารพรักนับถือมาก
ด้วยความที่หลวงปู่ท่านมีเมตตาต่อพระอาจารย์ ให้การอุปัฏฐากสนับสนุนพระอาจารย์ในงานต่าง ๆ เสมอมา เมื่อหลวงปู่ทราบความตามดำริของพระอาจารย์รุจิชัยแล้ว หลวงปู่จึงได้อาราธนานิมนต์พระอาจารย์รุจิชัยให้เข้ามาอยู่ในพื้นที่ซึ่งเป็นที่ตั้งของวัดป่าพรหมยานในปัจจุบันนี้ โดยที่ดินแห่งนี้ หลวงปู่สว่างร่วมด้วยศรัทธาญาติโยมได้จัดซื้อไว้เพื่อใช้เป็นที่สร้างวัดต่อไปในอนาคต โดยที่แห่งนี้หลวงปู่ได้มีนิมิตมาก่อนว่าในการต่อไปจะเกิดขึ้นเป็นวัดและเจริญรุ่งเรือง เป็นที่ศรัทธาแก่มหาชนพุทธบริษัททั้งหลายสืบไป เมื่อดำริของท่านพระอาจารย์รุจิชัยได้สอดคล้องกับดำริของหลวงปู่ที่จะสร้างวัด และต้องการหาภิกษุผู้มากบารมีในอันที่จะดูแลอาวาสสืบสานงานพระศาสนาให้เจริญรุ่งเรืองเป็นที่ศรัทธาแก่มหาชนทั้งหลาย หลวงปู่กับพระอาจารย์จึงได้ร่วมกันจัดสร้างเสนาสนะที่จำเป็นต่อการอยู่อาศัยขึ้น ณ ที่ดินแห่งนี้
เบื้องต้นใช้ชื่อว่า สำนักสงฆ์ป่าสมุนไพร (วัดป่าพรหมยานในปัจจุบัน) และหลวงปู่ได้อาราธนานิมนต์ให้พระอาจารย์รุจิชัยดูแลสถานที่แห่งนี้เพื่อสนองดำริตามปณิธานของพระอาจารย์ต่อไป ระหว่างที่พระอาจารย์รุจิชัย ได้พำนักอยู่ ณ สถานที่แห่งนี้ ท่านก็ได้ปฏิบัติกิจของสงฆ์ โดยเผยแผ่ธรรม สอนกรรมฐาน และสงเคราะห์ช่วยเหลือศรัทธาญาติโยมในด้านต่าง ๆ เป็นอย่างดีเสมอมา โดยเฉพาะด้านการรักษาโรคภัยไข้เจ็บด้วยความรู้ด้านสมุนไพรของท่านจนกระทั่งมีลูกศิษย์ลูกหาเคารพเลื่อมใสศรัทธาท่านเป็นจำนวนมาก ด้วยศรัทธาจำนวนมากที่มีต่อท่านนี้เองเป็นเหตุให้สำนักฯได้ขยับขยายเจริญเติบโตขึ้นอย่างรวดเร็ว